Metrikler
Yayın
40
BM Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları
Eğitim Bilgileri
2017 - 2018
2017 - 2018Post Doktora
McGill University, Tıp Fakültesi, İnsan Genetiği, Kanada
2009 - 2015
2009 - 2015Doktora
İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Elektronik Mühendisliği, Türkiye
2006 - 2009
2006 - 2009Yüksek Lisans
İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomedikal Mühendisliği, Türkiye
2002 - 2006
2002 - 2006Lisans
Erciyes Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Elektronik Mühendisliği, Türkiye
Yaptığı Tezler
2015
2015Doktora
Artificial intelligence based methods for the solution of protein folding problem by using coarse-grained lattice and off-lattice models
İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Elektronik Mühendisliği
2009
2009Yüksek Lisans
Parçacık sürü optimizasyonuna dayalı yeni bir aritmi sınıflama yöntemi
İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomedikal Mühendisliği
Yabancı Diller
C1 İleri
C1 İleriİngilizce
Araştırma Alanları
Avesis Araştırma Alanları:
Bilgisayar Bilimleri, Biyoenformatik, Yapay Zeka, Bilgisayarda Öğrenme ve Örüntü Tanıma, Biyomedikal Mühendisliği, Biyosinyal İşleme, Mühendislik ve Teknoloji
WoS Araştırma Alanları:
Mühendislik, Mühendislik Biyomedikal, Mühendislik Bilişim Ve Teknoloji (Eng), Bilgisayar Bilimi Yapay Zeka, Bilgisayar Bilimi
Scopus Araştırma Alanları:
Genel Mühendislik, Biyomühendislik, Yapay Zeka, Genel Bilgisayar Bilimi
Akademik Faaliyetlere Dayalı Araştırma Alanları
Avesis Araştırma Alanları
WoS Araştırma Alanları
Scopus Araştırma Alanları
Akademik Ünvanlar / Görevler
2025 - Devam Ediyor
2025 - Devam EdiyorProf. Dr.
İnönü Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomedikal Mühendisliği
2020 - 2025
2020 - 2025Doç. Dr.
İnönü Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomedikal Mühendisliği
2018 - 2020
2018 - 2020Dr. Öğr. Üyesi
İnönü Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomedikal Mühendisliği
2015 - 2018
2015 - 2018Yrd. Doç. Dr.
İnönü Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomedikal Mühendisliği
2009 - 2015
2009 - 2015Araştırma Görevlisi
İstanbul Teknik Üniversitesi, Elektrik-Elektronik Fakültesi
Yönetimsel Görevler
2026 - Devam Ediyor
2026 - Devam EdiyorBölüm Başkanı
İnönü Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomedikal Mühendisliği
2025 - Devam Ediyor
2025 - Devam EdiyorBAP Bilimsel Komisyon Üyesi
İnönü Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomedikal Mühendisliği
2023 - Devam Ediyor
2023 - Devam EdiyorEnstitü Yönetim Kurulu Üyesi
İnönü Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomedikal Mühendisliği
2020 - 2023
2020 - 2023Bölüm Başkanı
İnönü Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomedikal Mühendisliği
2019 - 2022
2019 - 2022Merkez Müdür Yardımcısı
İnönü Üniversitesi
2018 - 2021
2018 - 2021Dekan Yardımcısı
İnönü Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi
2019 - 2020
2019 - 2020Fakülte Yönetim Kurulu Üyesi
İnönü Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomedikal Mühendisliği
Akademi Dışı Deneyim
2015 - 2015
2015 - 2015İş Geliştirme Uzmanı
Netaş Telekomünikasyon A.Ş., İş Geliştirme Uzmanı
2008 - 2009
2008 - 2009Yazılım Mühendisi
Nortel Netaş Telekomünikasyon A.Ş., Yazılım Mühendisi
Verdiği Dersler
Yüksek Lisans
Yüksek Lisans
Örüntü Tanıma Yöntemleri ve Biyomedikal Uygulamaları
Metasezgisel Optimizasyon Yöntemleri
Lisans
Lisans
Mikrodenetleyiciler
Biyomedikal Enstrümantasyon
Sinyaller ve Sistemler
Bitirme Projesi II
Biyoinformatiğe Giriş
Bilgisayar Programlamaya Giriş
Bitirme Projesi I
Sinyaller ve Sistemler
Biyoistatistik
Biyomedikal Sinyal İşleme
Bilgisayar Programalama I
Bilgisayar Programlama I
Bilgisayar Programlamaya Giriş
Makaleler
Tümü (25)
SCI-E, SSCI, AHCI (20)
SCI-E, SSCI, AHCI, ESCI (21)
ESCI (1)
Scopus (21)
TRDizin (1)
Diğer Yayınlar (2)
2026
20261. NMR-Based Metabolomics Profiling Reveals Dose-Dependent Cardiotoxic Effects of Favipiravir in Rats.
Erdoğan A., Mumcu A., Çevik Z. R., Özkan Ö. L., Doğan B.
Magnetic resonance in chemistry : MRC
, 2026 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20252. Urinary Multiomics Signatures of Preterm Premature Rupture of Membranes: An Exploratory Analysis of Microbial and Metabolic Biomarkers.
Doğan B., Mumcu A., Arda Düz S., Otlu B., Karaer A., Tuncay G.
Journal of proteome research
, cilt.24, ss.6226-6237, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20253. GRWD1 Drives Melanoma Growth Through NF-κB Signaling Pathway
Türkmen D., Ozbey R., Ozdem B., Alan S., Cetin A. K., Baran F. B., et al.
Dermatology Practical and Conceptual
, cilt.15, sa.4, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20254. Metabolomics approach using HR-MAS NMR spectroscopy for the assessment of metabolic profiles of uterine fibroids.
Düz S., Mumcu A., Doğan B., Sarıdoğan E., Tuncay G., Onat T., et al.
Analytical biochemistry
, cilt.704, ss.115885, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20255. CBMAP: Clustering-Based Manifold Approximation and Projection for Dimensionality Reduction
Doğan B.
IEEE ACCESS , cilt.13, ss.145158-145167, 2025 (SCI-Expanded)
2025
20256. Multi-omics analysis of placental metabolomics and transcriptomics datasets reveals comprehensive insights into the pathophysiology of preeclampsia
Mumcu A., Sarıdoğan E., Arda Düz S., Tuncay G., Erdoğan A., Karaer K., et al.
JOURNAL OF PHARMACEUTICAL AND BIOMEDICAL ANALYSIS , cilt.256, sa.15 April 2025, ss.1-10, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2024
20247. Investigation of metabolite profiles of kidney tissues in rats treated with favipiravir drug: An NMR-based metabolomics study.
Çevik Z. R., Erdoğan A., Mumcu A., Doğan B.
Journal of pharmaceutical and biomedical analysis
, cilt.255, ss.116640, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)
2023
20238. scMAGS: Marker gene selection from scRNA-seq data for spatial transcriptomics studies.
Baran Y., Doğan B.
Computers in biology and medicine
, cilt.155, ss.106634, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
20229. Metabolomic analysis of endometrial cancer by high-resolution magic angle spinning NMR spectroscopy.
Arda Düz S., Mumcu A., Doğan B., Yılmaz E., İnci Çoşkun E., Sarıdogan E., et al.
Archives of gynecology and obstetrics
, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
202210. Metabolomics analysis of placental tissue obtained from patients with fetal growth restriction
KARAER A., MUMCU A., ARDA DÜZ S., TUNCAY G., DOĞAN B.
JOURNAL OF OBSTETRICS AND GYNAECOLOGY RESEARCH
, cilt.48, sa.4, ss.920-929, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2021
202111. The vaginal microbiota composition of women undergoing assisted reproduction: a prospective cohort study
Karaer A., Doğan B., Günal S., Tuncay G., Arda Düz S., Ünver T., et al.
BJOG-AN INTERNATIONAL JOURNAL OF OBSTETRICS AND GYNAECOLOGY
, cilt.128, sa.13, ss.2101-2109, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2020
202012. Microarray analysis of cumulus cells in women with ovarian endometriosis undergoing intracytoplasmic sperm injection
KARAER A., TUNCAY G., DOĞAN B., Tecellioglu N., ÇİĞREMİŞ Y.
JOURNAL OF ENDOMETRIOSIS AND PELVIC PAIN DISORDERS
, cilt.12, sa.2, ss.86-93, 2020 (ESCI, Scopus)
2020
202013. Metabolomics analysis of seminal plasma in patients with idiopathic Oligoasthenoteratozoospermia using high-resolution NMR spectroscopy
Mumcu A., Karaer A., Dogan B., Tuncay G.
Andrology
, cilt.8, sa.2, ss.450-456, 2020 (SCI-Expanded, Scopus)
2020
202014. High-resolution 1H-NMR spectroscopy indicates variations in metabolomics profile of follicular fluid from women with advanced maternal age
Dogan B., Karaer A., Tuncay G., Tecellioglu N., Mumcu A.
Journal of Assisted Reproduction and Genetics
, cilt.37, sa.2, ss.321-330, 2020 (SCI-Expanded, Scopus)
2019
201915. An alignment-free method for bulk comparison of protein sequences from different species
DOĞAN B.
BALKAN JOURNAL OF ELECTRİCAL AND COMPUTER ENGİNEERİNG , cilt.7, sa.4, ss.405-416, 2019 (TRDizin)
2019
201916. Metabolomics analysis of follicular fluid in women with ovarian endometriosis undergoing in vitro fertilization
KARAER A., TUNCAY G., MUMCU A., DOĞAN B.
SYSTEMS BIOLOGY IN REPRODUCTIVE MEDICINE
, cilt.65, sa.1, ss.39-47, 2019 (SCI-Expanded, Scopus)
2016
201617. Optimized spatial filters as a new method for mass spectrometry-based cancer diagnosis
DOĞAN B.
APPLIED SOFT COMPUTING
, cilt.48, ss.59-79, 2016 (SCI-Expanded, Scopus)
2016
201618. A modified Vortex Search algorithm for numerical function optimization
DOĞAN B.
, International Journal of Artificial Intelligence & Applications , cilt.7, sa.3, ss.37-54, 2016 (Hakemli Dergi)
2015
201519. Modified off-lattice AB Model for protein folding problem using the Vortex Search algorithm
DOĞAN B., ÖLMEZ T.
International Journal of Machine Learning and Computing , cilt.5, sa.4, ss.329-333, 2015 (Scopus)
2015
201520. A new metaheuristic for numerical function optimization: Vortex Search algorithm
Dogan B., Ölmez T.
INFORMATION SCIENCES
, cilt.293, ss.125-145, 2015 (SCI-Expanded, Scopus)
2015
201521. Vortex search algorithm for the analog active filter component selection problem
Dogan B., Ölmez T.
AEU-INTERNATIONAL JOURNAL OF ELECTRONICS AND COMMUNICATIONS
, cilt.69, sa.9, ss.1243-1253, 2015 (SCI-Expanded, Scopus)
2015
201522. A novel state space representation for the solution of 2D-HP protein folding problem using reinforcement learning methods
Dogan B., Ölmez T.
APPLIED SOFT COMPUTING
, cilt.26, ss.213-223, 2015 (SCI-Expanded, Scopus)
2013
201323. Prostate Cancer Classification from Mass Spectrometry Data by Using Wavelet Analysis and Kernel Partial Least Squares Algorithm
TAŞKIN V., DOĞAN B., ÖLMEZ T.
International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics
, cilt.3, sa.2, ss.98-102, 2013 (Hakemli Dergi)
2012
201224. A new ECG beat clustering method based on kernelized fuzzy c-means and hybrid ant colony optimization for continuous domains
Dogan B., Korurek M.
APPLIED SOFT COMPUTING
, cilt.12, sa.11, ss.3442-3451, 2012 (SCI-Expanded, Scopus)
2010
201025. ECG beat classification using particle swarm optimization and radial basis function neural network
Koruerek M., Dogan B.
EXPERT SYSTEMS WITH APPLICATIONS
, cilt.37, sa.12, ss.7563-7569, 2010 (SCI-Expanded, Scopus)
Hakemli Bilimsel Toplantılarda Yayımlanmış Bildiriler
2024
20241. GRWD1 PROTEİNİNİN MELANOMA TÜRÜ DERİ KANSERLERİNDEKİ ONKOJENİK ROLÜNÜN ARAŞTIRILMASI
Türkmen D., Özbey R., Özdem B., Kılınçlı Çetin A., Baran F. B., Doğan B., et al.
32. Uusal Dermatoloji Kongresi, Antalya, Türkiye, 20 - 24 Kasım 2024, ss.1-2, (Tam Metin Bildiri)
2024
20242. GRWD1 Proteininin Melanoma Türü Deri Kanserlerindeki Onkojenik Rolünün Araştırılması
BARAN F. B., TÜRKMEN D., ÖZBEY R., ÖZDEM B., KILINÇLI ÇETİN A., DOĞAN B., et al.
32. Ulusal Dermatoloji Kongresi, Antalya, Türkiye, 20 - 24 Kasım 2024, (Tam Metin Bildiri)
2023
20233. Multi-Omics Approach Based on the Analysis of Metabolomics and Transcriptomics Data for Understanding Placental Pathophysiology in Preeclampsia Patients
MUMCU A., SARIDOĞAN E., ARDA DÜZ S., TUNCAY G., ERDOĞAN A., KARAER K., et al.
Geleceğin Sağlık Teknolojileri - Genomiks Kongresi, İstanbul, Türkiye, 8 - 09 Aralık 2023, (Özet Bildiri)
2019
20194. Decreased BMP-15 and BDNF mRNA expression levels in cumulus granulosa cells of women with ovarian endometriosis
KARAER A., TUNCAY G., DOĞAN B., TECELLİOĞLU N., ÇİĞREMİŞ Y.
Expert Meeting In Personalized Reproductive Medicine, 11 - 14 Nisan 2019, (Özet Bildiri)
2019
20195. Protein-RNA Interaction Prediction Using Graphical Representation of Biological Sequences
DOĞAN B.
27th Signal Processing and Communications Applications Conference (SIU), Sivas, Türkiye, 24 - 26 Nisan 2019, (Tam Metin Bildiri)
2017
20176. Metabolomics analysis of follicular fluid in women with ovarian endometriosis undergoing in vitro fertilization
Karaer A., Tuncay G., Mumcu A., Dogan B.
33rd Annual Meeting of the European-Society-of-Human-Reproduction-and-Embryology (ESHRE), Geneva, İsviçre, 2 - 05 Temmuz 2017, cilt.32, ss.255, (Özet Bildiri)
2015
20157. Segmentation of Brain MRI Images By Using Type-II Fuzzy Clustering Algorithm
Toker I., Dogan B., Pinar S. K.
23nd Signal Processing and Communications Applications Conference (SIU), Malatya, Türkiye, 16 - 19 Mayıs 2015, ss.1909-1912, (Tam Metin Bildiri)
2015
20158. Analog Filter Group Delay Optimization Using the Vortex Search Algorithm
Dogan B., Yuksel A.
23nd Signal Processing and Communications Applications Conference (SIU), Malatya, Türkiye, 16 - 19 Mayıs 2015, ss.288-291, (Tam Metin Bildiri)
2014
20149. Fuzzy Clustering of ECG Beats Using a New Metaheuristic Approach
Dogan B., Ölmez T.
2nd International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO), Granada, Nikaragua, 7 - 09 Nisan 2014, ss.54-65, (Tam Metin Bildiri)
2012
201210. ECG beat clustering using fuzzy c-means algorithm and particle swarm optimization EKG vurularinin bulanik c-ortalamalar algori̇tmasi ve parçacik sürü opti̇mi̇zasyonu yardimiyla öbekleşti̇ ri̇lmesi̇
Doǧan B., Korürek M.
2012 20th Signal Processing and Communications Applications Conference, SIU 2012, Fethiye, Mugla, Türkiye, 18 - 20 Nisan 2012, (Tam Metin Bildiri)
2010
201011. ECG beat classification using ant colony optimization for continuous domains EKG vurularinin sürekli zaman karinca koloni optimizasyonu yardimiyla siniflandirilmasi
Doǧan B., Korürek M.
2010 7th National Conference on Electrical, Electronics and Computer Engineering, ELECO 2010, Bursa, Türkiye, 2 - 05 Aralık 2010, ss.497-501, (Tam Metin Bildiri)
2009
200912. Performance Evaluation of Radial Basis Function Neural Network on ECG Beat Classification
Dogan B., Korurek M.
14th National Biomedical Engineering Meeting, İzmir, Türkiye, 20 - 22 Mayıs 2009, ss.147-150, (Tam Metin Bildiri)
Kitaplar
2018
20181. Computational Methods for Analysis of the DNA-Binding Preferences of Cys2His2 Zinc-Finger Proteins
Doğan B., Najafabadı H. S.
Zinc Finger Proteins Methods and Protocols, Jia Liu, Editör, Springer, London/Berlin , New York, ss.15-28, 2018
Desteklenen Projeler
2025 - Devam Ediyor
2025 - Devam EdiyorRaman Spektroskopisine Dayalı Omik Yaklaşım kullanarak İlaç Doz Bağımlı Serum Moleküler Profil Değişimlerinin Analizi
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Güdümlü
MUMCU A. (Yürütücü), ERDOĞAN A., DOĞAN B., AKARSU K.
2020 - Devam Ediyor
2020 - Devam EdiyorMalatya kayısısının ayırt edici özelliklerinin kimyasal bileşim analiz verisi tabanlı makine öğrenmesi yoluyla belirlenmesi
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Güdümlü
DURMAZ G. (Yürütücü), SARITEPE Y., BOZANOĞLU F., ERDOĞAN A., HAYALOĞLU A. A., KARABULUT İ., et al.
2021 - 2025
2021 - 2025Preterm prematüre membran rüptürü tanısı koyulmuş gebe kadınlarda üriner metagenomiks ve metabolomiks verilerin multi-omiks analizi
TÜBİTAK Projesi , 2247 - A Ulusal Lider Araştırmacılar Programı
(Proje Özeti)
Doğan B. (Yürütücü)
2022 - 2024
2022 - 2024
Polikistik over sendromun alt tiplerinde nadir görülen endometriyum kanseri riskini belirlemek için biyobelirteç çalışması
TÜBİTAK - AB COST Projesi
(Proje Özeti)
Özcan Kabasakal S.(Yürütücü), Karslıoğlu Y., Karaer A., Öz M., Doğan B., Arda Düz S.
2021 - 2024
2021 - 2024
Endometriyum Kanserindeki Metabolomik Değişikliklerin İncelenmesi
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Araştırma Projesi
ARDA DÜZ S. (Yürütücü), YILMAZ E., DOĞAN B., MUMCU A., SARIDOĞAN E.
2021 - 2024
2021 - 2024UterinLeiomiyomlardaki Metabolomik Değişikliklerin NMR spektroskopisi kullanılarak İncelenmesi
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Araştırma Projesi
ARDA DÜZ S. (Yürütücü), TUNCAY G., KARAER A., DOĞAN B., MUMCU A.
2020 - 2022
2020 - 2022İnfertil hastalarda kümülüs hücrelerinin mRNA-miRNA entegre analizi: oosit/embriyo kalitesi ve in vitro fertilizasyon sonuçlarına etkisi
Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Araştırma Projesi
Doğan B., Karaer A. (Yürütücü)
2020 - 2022
2020 - 2022Preeklampsi hastalarında plasental patofizyolojinin anlaşılması için RNA-seq ve 1H-NMR veri setlerinin entegre analizine dayalı multi-omiks yaklaşım
Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Araştırma Projesi
Doğan B. (Yürütücü), Karaer A., Tuncay G., Karaer K., Arda Düz S., Mumcu A., et al.
2019 - 2022
2019 - 2022Embriyo kültür sıvısı serbest mitokondrial DNA miktarının IVF sonuçları üzerine etkisi
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Güdümlü
TUNCAY G. (Yürütücü), TECELLİOĞLU A. N., KARAER A., DOĞAN B., KARAER K., BALOĞLU D.
2018 - 2021
2018 - 2021RF PÜSKÜRTME TEKNİĞİ İLE HİDROKSİAPATİT VE FLORAPATİT KAPLANMIŞ ORTODONTİK ŞEKİL HAFIZALI NİTİ TELLERİN HAZIRLANMASI
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Güdümlü
KIZILASLAN O. (Yürütücü), ZENGİN R., KIRAT G., ŞİMŞEK M., ÖZGÜVEN Ö., DOĞAN B., et al.
2018 - 2020
2018 - 2020İnfertil Hastalarda Seminal Plazmanın Metabolomiks Analizi
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Araştırma Projesi
MUMCU A. (Yürütücü), TUNCAY G., DOĞAN B., KARAER A.
2016 - 2020
2016 - 2020Düşük ovaryan rezervi ve ileri anne yaşının folliküler metabolomiks profili üzerine etkisi
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Güdümlü
Mumcu A., Doğan B., Tuncay G., Karaer A. (Yürütücü)
2017 - 2018
2017 - 2018Transkripsiyon faktörü C2H2-ZF proteinlerinin DNA'ya bağlanma motiflerini bulabilmek için makine öğrenmesi yöntemlerine dayalı yeni bir tanıma kodunun geliştirilmesi
TÜBİTAK Projesi
2015 - 2018
2015 - 2018BİYOMEDİKAL MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ ÖĞRENCİ LABORATUVARLARI ALTYAPI TAMAMLAMA PROJESİ
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Güdümlü
ŞİMŞEK M. (Yürütücü), YAKINCI M. E., ERDOĞAN A., KIZILASLAN O., ÖZGÜVEN Ö., BİLGİLİ H., et al.
Bilimsel Dergilerdeki Faaliyetler
2016 - 2023
2016 - 2023NEURAL PROCESSING LETTERS
Yardımcı Editör/Bölüm Editörü
Burslar
2017 - 2018
2017 - 20182219-Yurtdışı Doktora Sonrası Araştırma Burs Programı
TÜBİTAK
2009 - 2013
2009 - 20132211-A Yurtiçi Doktora Burs Programı
TÜBİTAK
2006 - 2008
2006 - 2008