Doç. Dr. BERAT DOĞAN

Metrikler

Yayın

Yayın (WoS)

Yayın (Scopus)

Atıf (WoS)

699

H-İndeks (WoS)

Atıf (Scopus)

835

H-İndeks (Scopus)

Atıf (Scholar)

1248

H-İndeks (Scholar)

Proje

BM Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları

Eğitim Bilgileri

2017 - 2018

Post Doktora

McGill University, Tıp Fakültesi, İnsan Genetiği, Kanada

2009 - 2015

Doktora

İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Elektronik Mühendisliği, Türkiye

2006 - 2009

Yüksek Lisans

İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomedikal Mühendisliği, Türkiye

2002 - 2006

Lisans

Erciyes Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Elektronik Mühendisliği, Türkiye

Yaptığı Tezler

2015

Doktora

Artificial intelligence based methods for the solution of protein folding problem by using coarse-grained lattice and off-lattice models

İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Elektronik Mühendisliği

2009

Yüksek Lisans

Parçacık sürü optimizasyonuna dayalı yeni bir aritmi sınıflama yöntemi

İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomedikal Mühendisliği

Yabancı Diller

C1 İleri

İngilizce

Araştırma Alanları

Bilgisayar Bilimleri

Biyoenformatik

Yapay Zeka, Bilgisayarda Öğrenme ve Örüntü Tanıma

Biyomedikal Mühendisliği

Biyosinyal İşleme

Mühendislik ve Teknoloji

Akademik Ünvanlar / Görevler

2020 - Devam Ediyor

Doç. Dr.

İnönü Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomedikal Mühendisliği

2018 - 2020

Dr. Öğr. Üyesi

İnönü Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomedikal Mühendisliği

2015 - 2018

Yrd. Doç. Dr.

İnönü Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomedikal Mühendisliği

2009 - 2015

Araştırma Görevlisi

İstanbul Teknik Üniversitesi, Elektrik-Elektronik Fakültesi

Yönetimsel Görevler

2023 - Devam Ediyor

Enstitü Yönetim Kurulu Üyesi

İnönü Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomedikal Mühendisliği

2020 - 2023

Bölüm Başkanı

İnönü Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomedikal Mühendisliği

2019 - 2022

Merkez Müdür Yardımcısı

İnönü Üniversitesi

2018 - 2021

Dekan Yardımcısı

İnönü Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi

2019 - 2020

Fakülte Yönetim Kurulu Üyesi

İnönü Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomedikal Mühendisliği

Akademi Dışı Deneyim

2015 - 2015

İş Geliştirme Uzmanı

Netaş Telekomünikasyon A.Ş., İş Geliştirme Uzmanı

2008 - 2009

Yazılım Mühendisi

Nortel Netaş Telekomünikasyon A.Ş., Yazılım Mühendisi

Verdiği Dersler

Doktora

Derin Öğrenme Yöntemleri

Yüksek Lisans

Örüntü Tanıma Yöntemleri ve Biyomedikal Uygulamaları

Metasezgisel Optimizasyon Yöntemleri

Lisans

Mikrodenetleyiciler

Biyomedikal Enstrümantasyon

Sinyaller ve Sistemler

Bitirme Projesi II

Biyoinformatiğe Giriş

Bilgisayar Programlamaya Giriş

Bitirme Projesi I

Sinyaller ve Sistemler

Biyoistatistik

Biyomedikal Sinyal İşleme

Bilgisayar Programalama I

Bilgisayar Programlama I

Bilgisayar Programlamaya Giriş

Makaleler

2025

1. Urinary Multiomics Signatures of Preterm Premature Rupture of Membranes: An Exploratory Analysis of Microbial and Metabolic Biomarkers.

Doğan B., Mumcu A., Arda Düz S., Otlu B., Karaer A., Tuncay G.

Journal of proteome research , cilt.24, ss.6226-6237, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)

2025

2. GRWD1 Drives Melanoma Growth Through NF-κB Signaling Pathway.

Türkmen D., Ozbey R., Ozdem B., Alan S., Cetin A. K., Baran F. B., et al.

Dermatology practical & conceptual , cilt.15, sa.4, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)

2025

3. CBMAP: Clustering-Based Manifold Approximation and Projection for Dimensionality Reduction

Doğan B.

IEEE ACCESS , cilt.13, ss.145158-145167, 2025 (SCI-Expanded)

2025

4. Metabolomics approach using HR-MAS NMR spectroscopy for the assessment of metabolic profiles of uterine fibroids.

Düz S. A., Mumcu A., Doğan B., Sarıdoğan E., Tuncay G., Onat T., et al.

Analytical biochemistry , cilt.704, ss.115885, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)

2025

5. Multi-omics analysis of placental metabolomics and transcriptomics datasets reveals comprehensive insights into the pathophysiology of preeclampsia

Mumcu A., Sarıdoğan E., Arda Düz S., Tuncay G., Erdoğan A., Karaer K., et al.

JOURNAL OF PHARMACEUTICAL AND BIOMEDICAL ANALYSIS , cilt.256, sa.15 April 2025, ss.1-10, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)

2024

6. Investigation of metabolite profiles of kidney tissues in rats treated with favipiravir drug: An NMR-based metabolomics study.

Çevik Z. R., Erdoğan A., Mumcu A., Doğan B.

Journal of pharmaceutical and biomedical analysis , cilt.255, ss.116640, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)

2023

7. scMAGS: Marker gene selection from scRNA-seq data for spatial transcriptomics studies.

Baran Y., Doğan B.

Computers in biology and medicine , cilt.155, ss.106634, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)

2022

8. Metabolomic analysis of endometrial cancer by high-resolution magic angle spinning NMR spectroscopy.

Arda Düz S., Mumcu A., Doğan B., Yılmaz E., İnci Çoşkun E., Sarıdogan E., et al.

Archives of gynecology and obstetrics , 2022 (SCI-Expanded, Scopus)

2022

9. Metabolomics analysis of placental tissue obtained from patients with fetal growth restriction

KARAER A., MUMCU A., ARDA DÜZ S., TUNCAY G., DOĞAN B.

JOURNAL OF OBSTETRICS AND GYNAECOLOGY RESEARCH , cilt.48, sa.4, ss.920-929, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)

2021

10. The vaginal microbiota composition of women undergoing assisted reproduction: a prospective cohort study

Karaer A., Doğan B., Günal S., Tuncay G., Arda Düz S., Ünver T., et al.

BJOG-AN INTERNATIONAL JOURNAL OF OBSTETRICS AND GYNAECOLOGY , cilt.128, sa.13, ss.2101-2109, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)

2020

11. Microarray analysis of cumulus cells in women with ovarian endometriosis undergoing intracytoplasmic sperm injection

KARAER A., TUNCAY G., DOĞAN B., Tecellioglu N., ÇİĞREMİŞ Y.

JOURNAL OF ENDOMETRIOSIS AND PELVIC PAIN DISORDERS , cilt.12, sa.2, ss.86-93, 2020 (ESCI, Scopus)

2020

12. Metabolomics analysis of seminal plasma in patients with idiopathic Oligoasthenoteratozoospermia using high-resolution NMR spectroscopy

Mumcu A., Karaer A., Dogan B., Tuncay G.

Andrology , cilt.8, sa.2, ss.450-456, 2020 (SCI-Expanded, Scopus)

2020

13. High-resolution 1H-NMR spectroscopy indicates variations in metabolomics profile of follicular fluid from women with advanced maternal age

Dogan B., Karaer A., Tuncay G., Tecellioglu N., Mumcu A.

Journal of Assisted Reproduction and Genetics , cilt.37, sa.2, ss.321-330, 2020 (SCI-Expanded, Scopus)

2019

14. An alignment-free method for bulk comparison of protein sequences from different species

DOĞAN B.

BALKAN JOURNAL OF ELECTRİCAL AND COMPUTER ENGİNEERİNG , cilt.7, sa.4, ss.405-416, 2019 (TRDizin)

2019

15. Metabolomics analysis of follicular fluid in women with ovarian endometriosis undergoing in vitro fertilization

KARAER A., TUNCAY G., MUMCU A., DOĞAN B.

SYSTEMS BIOLOGY IN REPRODUCTIVE MEDICINE , cilt.65, sa.1, ss.39-47, 2019 (SCI-Expanded, Scopus)

2016

16. Optimized spatial filters as a new method for mass spectrometry-based cancer diagnosis

DOĞAN B.

APPLIED SOFT COMPUTING , cilt.48, ss.59-79, 2016 (SCI-Expanded, Scopus)

2016

17. A modified Vortex Search algorithm for numerical function optimization

DOĞAN B.

, International Journal of Artificial Intelligence & Applications , cilt.7, sa.3, ss.37-54, 2016 (Hakemli Dergi)

2015

18. Modified off-lattice AB Model for protein folding problem using the Vortex Search algorithm

DOĞAN B., ÖLMEZ T.

International Journal of Machine Learning and Computing , cilt.5, sa.4, ss.329-333, 2015 (Scopus)

2015

19. A new metaheuristic for numerical function optimization: Vortex Search algorithm

Dogan B., Ölmez T.

INFORMATION SCIENCES , cilt.293, ss.125-145, 2015 (SCI-Expanded, Scopus)

2015

20. Vortex search algorithm for the analog active filter component selection problem

Dogan B., Ölmez T.

AEU-INTERNATIONAL JOURNAL OF ELECTRONICS AND COMMUNICATIONS , cilt.69, sa.9, ss.1243-1253, 2015 (SCI-Expanded, Scopus)

2015

21. A novel state space representation for the solution of 2D-HP protein folding problem using reinforcement learning methods

Dogan B., Ölmez T.

APPLIED SOFT COMPUTING , cilt.26, ss.213-223, 2015 (SCI-Expanded, Scopus)

2013

22. Prostate Cancer Classification from Mass Spectrometry Data by Using Wavelet Analysis and Kernel Partial Least Squares Algorithm

TAŞKIN V., DOĞAN B., ÖLMEZ T.

International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics , cilt.3, sa.2, ss.98-102, 2013 (Hakemli Dergi)

2012

23. A new ECG beat clustering method based on kernelized fuzzy c-means and hybrid ant colony optimization for continuous domains

Dogan B., Korurek M.

APPLIED SOFT COMPUTING , cilt.12, sa.11, ss.3442-3451, 2012 (SCI-Expanded, Scopus)

2010

24. ECG beat classification using particle swarm optimization and radial basis function neural network

Koruerek M., Dogan B.

EXPERT SYSTEMS WITH APPLICATIONS , cilt.37, sa.12, ss.7563-7569, 2010 (SCI-Expanded, Scopus)

Hakemli Bilimsel Toplantılarda Yayımlanmış Bildiriler

2024

1. GRWD1 PROTEİNİNİN MELANOMA TÜRÜ DERİ KANSERLERİNDEKİ ONKOJENİK ROLÜNÜN ARAŞTIRILMASI

Türkmen D., Özbey R., Özdem B., Kılınçlı Çetin A., Baran F. B., Doğan B., et al.

32. Uusal Dermatoloji Kongresi, Antalya, Türkiye, 20 - 24 Kasım 2024, ss.1-2, (Tam Metin Bildiri)

2024

2. GRWD1 Proteininin Melanoma Türü Deri Kanserlerindeki Onkojenik Rolünün Araştırılması

BARAN F. B., TÜRKMEN D., ÖZBEY R., ÖZDEM B., KILINÇLI ÇETİN A., DOĞAN B., et al.

32. Ulusal Dermatoloji Kongresi, Antalya, Türkiye, 20 - 24 Kasım 2024, (Tam Metin Bildiri)

2023

3. Multi-Omics Approach Based on the Analysis of Metabolomics and Transcriptomics Data for Understanding Placental Pathophysiology in Preeclampsia Patients

MUMCU A., SARIDOĞAN E., ARDA DÜZ S., TUNCAY G., ERDOĞAN A., KARAER K., et al.

Geleceğin Sağlık Teknolojileri - Genomiks Kongresi, İstanbul, Türkiye, 8 - 09 Aralık 2023, (Özet Bildiri)

2019

4. Decreased BMP-15 and BDNF mRNA expression levels in cumulus granulosa cells of women with ovarian endometriosis

KARAER A., TUNCAY G., DOĞAN B., TECELLİOĞLU N., ÇİĞREMİŞ Y.

Expert Meeting In Personalized Reproductive Medicine, 11 - 14 Nisan 2019, (Özet Bildiri)

2019

5. Protein-RNA Interaction Prediction Using Graphical Representation of Biological Sequences

DOĞAN B.

27th Signal Processing and Communications Applications Conference (SIU), Sivas, Türkiye, 24 - 26 Nisan 2019, (Tam Metin Bildiri)

2017

6. Metabolomics analysis of follicular fluid in women with ovarian endometriosis undergoing in vitro fertilization

Karaer A., Tuncay G., Mumcu A., Dogan B.

33rd Annual Meeting of the European-Society-of-Human-Reproduction-and-Embryology (ESHRE), Geneva, İsviçre, 2 - 05 Temmuz 2017, cilt.32, ss.255, (Özet Bildiri)

2015

7. Segmentation of Brain MRI Images By Using Type-II Fuzzy Clustering Algorithm

Toker I., Dogan B., Pinar S. K.

23nd Signal Processing and Communications Applications Conference (SIU), Malatya, Türkiye, 16 - 19 Mayıs 2015, ss.1909-1912, (Tam Metin Bildiri)

2015

8. Analog Filter Group Delay Optimization Using the Vortex Search Algorithm

Dogan B., Yuksel A.

23nd Signal Processing and Communications Applications Conference (SIU), Malatya, Türkiye, 16 - 19 Mayıs 2015, ss.288-291, (Tam Metin Bildiri)

2014

9. Fuzzy Clustering of ECG Beats Using a New Metaheuristic Approach

Dogan B., Ölmez T.

2nd International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO), Granada, Nikaragua, 7 - 09 Nisan 2014, ss.54-65, (Tam Metin Bildiri)

2012

10. ECG beat clustering using fuzzy c-means algorithm and particle swarm optimization EKG vurularinin bulanik c-ortalamalar algori̇tmasi ve parçacik sürü opti̇mi̇zasyonu yardimiyla öbekleşti̇ ri̇lmesi̇

Doǧan B., Korürek M.

2012 20th Signal Processing and Communications Applications Conference, SIU 2012, Fethiye, Mugla, Türkiye, 18 - 20 Nisan 2012, (Tam Metin Bildiri)

2010

11. ECG beat classification using ant colony optimization for continuous domains EKG vurularinin sürekli zaman karinca koloni optimizasyonu yardimiyla siniflandirilmasi

Doǧan B., Korürek M.

2010 7th National Conference on Electrical, Electronics and Computer Engineering, ELECO 2010, Bursa, Türkiye, 2 - 05 Aralık 2010, ss.497-501, (Tam Metin Bildiri)

2009

12. Performance Evaluation of Radial Basis Function Neural Network on ECG Beat Classification

Dogan B., Korurek M.

14th National Biomedical Engineering Meeting, İzmir, Türkiye, 20 - 22 Mayıs 2009, ss.147-150, (Tam Metin Bildiri)

Kitaplar

2018

1. Computational Methods for Analysis of the DNA-Binding Preferences of Cys2His2 Zinc-Finger Proteins

Doğan B., Najafabadı H. S.

Zinc Finger Proteins Methods and Protocols, Jia Liu, Editör, Springer, London/Berlin , New York, ss.15-28, 2018

Desteklenen Projeler

2025 - Devam Ediyor

Raman Spektroskopisine Dayalı Omik Yaklaşım kullanarak İlaç Doz Bağımlı Serum Moleküler Profil Değişimlerinin Analizi

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje

MUMCU A. (Yürütücü), ERDOĞAN A., DOĞAN B., AKARSU K.

2020 - Devam Ediyor

Malatya kayısısının ayırt edici özelliklerinin kimyasal bileşim analiz verisi tabanlı makine öğrenmesi yoluyla belirlenmesi

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Güdümlü

DURMAZ G. (Yürütücü), SARITEPE Y., BOZANOĞLU F., ERDOĞAN A., HAYALOĞLU A. A., KARABULUT İ., et al.

2021 - 2025

Preterm prematüre membran rüptürü tanısı koyulmuş gebe kadınlarda üriner metagenomiks ve metabolomiks verilerin multi-omiks analizi

TÜBİTAK Projesi , 2247 - A Ulusal Lider Araştırmacılar Programı

(Proje Özeti)

Doğan B. (Yürütücü)

2022 - 2024

Polikistik over sendromun alt tiplerinde nadir görülen endometriyum kanseri riskini belirlemek için biyobelirteç çalışması

TÜBİTAK - AB COST Projesi

(Proje Özeti)

Özcan Kabasakal S.(Yürütücü), Karslıoğlu Y., Karaer A., Öz M., Doğan B., Arda Düz S.

2021 - 2024

Endometriyum Kanserindeki Metabolomik Değişikliklerin İncelenmesi

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Araştırma Projesi

ARDA DÜZ S. (Yürütücü), YILMAZ E., DOĞAN B., MUMCU A., SARIDOĞAN E.

2021 - 2024

UterinLeiomiyomlardaki Metabolomik Değişikliklerin NMR spektroskopisi kullanılarak İncelenmesi

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Araştırma Projesi

ARDA DÜZ S. (Yürütücü), TUNCAY G., KARAER A., DOĞAN B., MUMCU A.

2020 - 2022

İnfertil hastalarda kümülüs hücrelerinin mRNA-miRNA entegre analizi: oosit/embriyo kalitesi ve in vitro fertilizasyon sonuçlarına etkisi

Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Araştırma Projesi

Doğan B., Karaer A. (Yürütücü)

2020 - 2022

Preeklampsi hastalarında plasental patofizyolojinin anlaşılması için RNA-seq ve 1H-NMR veri setlerinin entegre analizine dayalı multi-omiks yaklaşım

Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Araştırma Projesi

Doğan B. (Yürütücü), Karaer A., Tuncay G., Karaer K., Arda Düz S., Mumcu A., et al.

2019 - 2022

Embriyo kültür sıvısı serbest mitokondrial DNA miktarının IVF sonuçları üzerine etkisi

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Güdümlü

TUNCAY G. (Yürütücü), TECELLİOĞLU A. N., KARAER A., DOĞAN B., KARAER K., BALOĞLU D.

2018 - 2021

RF PÜSKÜRTME TEKNİĞİ İLE HİDROKSİAPATİT VE FLORAPATİT KAPLANMIŞ ORTODONTİK ŞEKİL HAFIZALI NİTİ TELLERİN HAZIRLANMASI

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Güdümlü

KIZILASLAN O. (Yürütücü), ZENGİN R., KIRAT G., ŞİMŞEK M., ÖZGÜVEN Ö., DOĞAN B., et al.

2018 - 2020

İnfertil Hastalarda Seminal Plazmanın Metabolomiks Analizi

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Araştırma Projesi

MUMCU A. (Yürütücü), TUNCAY G., DOĞAN B., KARAER A.

2016 - 2020

Düşük ovaryan rezervi ve ileri anne yaşının folliküler metabolomiks profili üzerine etkisi

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Güdümlü

Mumcu A., Doğan B., Tuncay G., Karaer A. (Yürütücü)

2017 - 2018

Transkripsiyon faktörü C2H2-ZF proteinlerinin DNA'ya bağlanma motiflerini bulabilmek için makine öğrenmesi yöntemlerine dayalı yeni bir tanıma kodunun geliştirilmesi

TÜBİTAK Projesi

2015 - 2018

BİYOMEDİKAL MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ ÖĞRENCİ LABORATUVARLARI ALTYAPI TAMAMLAMA PROJESİ

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Güdümlü

ŞİMŞEK M. (Yürütücü), YAKINCI M. E., ERDOĞAN A., KIZILASLAN O., ÖZGÜVEN Ö., BİLGİLİ H., et al.

Bilimsel Dergilerdeki Faaliyetler

2016 - Devam Ediyor

Neural Processing Letters

Yardımcı Editör/Bölüm Editörü

Burslar

2017 - 2018

2219-Yurtdışı Doktora Sonrası Araştırma Burs Programı

TÜBİTAK

2009 - 2013

2211-A Yurtiçi Doktora Burs Programı

TÜBİTAK

2006 - 2008