Topluluk öğrenme yöntemlerine dayalı bilgisayar destekli tanı sisteminin geliştirilmesi: genomik teknolojileri üzerine uygulaması
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: İnönü Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Biyoistatistik ve Tıbbi Bilişim, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ZEYNEP KÜÇÜKAKÇALI
Danışman: Harika Gözde Gözükara Bağ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: Bu çalışmanın amacı sisplatin ile hepatotoksisite oluşturulmuş sıçanlar ile patoloji oluşturulmamış sıçanlardan alınan karaciğer doku örneklerinin genomik analizlerinin yapılması ile elde edilen büyük verilerin biyoinformatik analizlerinin yapılması amacıyla bir bir web-tabanlı yazılımın geliştirilmesidir. Ayrıca verilerin topluluk öğrenmesi metodları ile modellenmesi sonucunda hepatotoksisite ile ilişkili tanıya/erken tanıya yönelik olası biyobelirteçlerin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Materyal ve Metot: Çalışmada 20 adet dişi Sprague-Dawley sıçanın alınmasıyla oluşturulan bir deney düzeneğinden elde edilen genomik veriler kullanıldı. Biyoinformatik analizlerin yapılması için geliştirilen web tabanlı yazılım R programlama dili temelinde interaktif web tabanlı uygulamaların tasarlanmasına izin veren Shiny kütüphanesi ve ggplot2, ggrepel, DT, shinyWidgets, shinyLP, shinydashboard ve limma paketleri kullanılmıştır. Modellemelerde ise topluluk öğrenme yöntemlerinden bagging, boosting, stacking ve XGBoost modelleri kullanılmıştır. Bulgular: Çalışmada kullanılan genomik veri seti 16.386 ifade içermektedir. Biyoinformatik analiz sonuçlarına göre hepatotoksisite ve kontrol grupları için 589 adet lncRNA gruplarda farklı ekspresyon göstermiştir. Bunlardan 450 tanesi yukarı ekspresyon göstermişken 139 tanesi aşağı ekspresyon göstermiştir. Değişken seçimi ile seçilen lncRNA lar ile yapılan modellemeler sonucunda XGBoost modeli en yüksek performans metriklerine sahipti. Sonuç: Bu çalışma ile biyoinformatik analiz yapılmasına olanak sağlayan bir yazılım geliştirilmiştir. Ayrıca yapılan biyoinformatik analiz ve modellemeler sonucunda hepatotoksisitesi olan sıçanlar ile kontrol grubunda yer alan sıçanların lncRNA ekspresyon verileri kullanılarak hepatotoksisite için potansiyel genomik biyobelirteçleri belirlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Bilgisayar Destekli Tanı Sistemi, Genomik, Makine Öğrenmesi, Sınıflandırma, Topluluk Öğrenme, Yapay Zekâ