Protein Katlanması Problemine Genetik Algoritma Yaklaşımı


Akkaya A. E.

International Artificial Intelligence and Data Processing Symposium (IDAP 16), Malatya, Türkiye, 17 - 18 Eylül 2016, ss.69-72

  • Yayın Türü: Bildiri / Tam Metin Bildiri
  • Basıldığı Şehir: Malatya
  • Basıldığı Ülke: Türkiye
  • Sayfa Sayıları: ss.69-72
  • İnönü Üniversitesi Adresli: Evet

Özet

Proteinler insan vücudunda büyüme, gelişme, yaraların tamir edilmesi, çeşitli maddelerin sindirim ve sentezi, enfeksiyonlara karşı savunma, sıvı dengesinin sağlanması, zekâ gelişimi, azot dengesinin sağlanması gibi temel olaylarda hayati göreve sahiptir. Ancak, her proteinin üstlendiği görev, proteinin kendine has en düşük enerji değerine sahip olduğu kabul edilen 3-boyutlu “konformasyona”, doğru katlanmış doğal yapıya sahip olduğunda başarıyla yerine getirilmektedir. Alzheimer, Parkinson, Sistik fibroz gibi hastalıkların, proteinin yanlış katlanması nedeniyle ortaya çıktıklarının keşfedilmesi sonucu, protein katlanması problemi alanındaki çalışmalar hızla artmıştır. Bu çalışmada 2D HP modeli kullanılarak, genetik algoritma aracılığı ile protein katlanması problemine çözüm sunulmaya çalışılmıştır.

Proteins has a vital mission at the basic events such as growth, development, wound repairing, digestion and synthesis of various substances, defense against infections, provision of fluid balance, mental development, provision of nitrogen balance in human body. However, the task undertaken by each protein can process successfully when the protein has 3D conformation, folded/native state that have the lowest free energy. With the discovery of results that Alzheimer’s disease, Parkinson’s disease, cystic fibrosis appeared by protein misfolding, the studies on the protein folding problem area have been increased fast. In this study, the genetic algorithm has been used for the protein folding problem by using 2D HP model.