Hepatosellüler Karsinom Prognozunun Belirlenmesinde Epigenetik Faktörlerin İleri Biyoinformatik Yöntemlerle Analizi
Tez Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: İnönü Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Biyoistatistik ve Tıbbi Bilişim, Türkiye
Tez Danışmanı: Prof. Dr. Cemil Çolak
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Desteklendiği Program: Diğer
Özet:
Amaç: Bu çalışmanın amacı HCC'nin biyolojik davranışında belirleyici olduğu düşünülen moleküler genetik mekanizmaların transkriptomik ve epigenetik analizler sonucu elde edilen veriler kullanılarak tespit edilmesidir.
Materyal ve Metot: HCC ile ilişkili transkriptomik veriler NCBI GEO veri tabanından indirilmiştir. GSE46444 ve GSE63898 erişim numaralı veri setlerinde bulunan gruplar arası ekspresyon farklılıkları GEO2R ile analiz edilmiştir. Ekspresyonda farklılık gösteren genler GO ve KEGG metabolik yolak analizleri ile zenginleştirilmiştir. WGBS ve MeDIP-Seq veri setleri NCBI SRA veri tabanından indirilmiştir. WGBS ve MeDIP-Seq verileri sırasıyla Bismark ve QSEA yazılımı ile analiz edilmiştir. Gruplar arası metilasyona uğrayan bölgeler ile işlevsel zenginleştirme analizi gerçekleştirilmiştir.
Bulgular: GSE46444 veri setinde sirozlu dokuyla karşılaştırıldığında HCC'li dokuda protein kodlayan 80 genin up- ve 315 genin down-regule olduğu görülmüştür. GSE63898 veri setinde HCC'li grup ile karşılaştırıldığında sirozlu grupta 1.261 genin up- ve 458 genin down-regule olduğu görüldü. WGBS sonucunda sağlıklı dokuyla karşılaştırıldığında HCC'li dokuda hipermetile olan ilk 20 genomik lokasyonda protein-kodlayan genlerin olduğu ve hipometile bölgelerin çoğunun da kodlayan genomik bölge olduğu görülmüştür. Sirozlu dokuyla karşılaştırıldığında HCC'li dokuda metile olan lokasyonlar da sağlıklı dokudaki karşılaştırmalar ile benzerdir. MeDIP-Seq ile HCC'li ve HCC'siz dokular karşılaştırılmıştır. Hiper- ve hipometile olan bölgelerde protein-kodlayan genler belirlenmiştir. Bu bölgelerin işlev zenginleştirme analizinde peroksizom, fokal adhezyon, mTOR, RAP1, Fosfolipaz D, Ras ve PI3K/AKT sinyal yolağında rol oynadığı belirlenmiştir.
Sonuç: Transkriptomik ve epigenetik analizlerle HCC'nin biyolojik davranışında etkili moleküler düzeyde veriler elde edilmiştir. Bunların ileride geliştirilecek hedeflenmiş tedavi için potansiyel aday olabileceği düşünülmektedir.
Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik analiz, Epigenetik, Genetik, Hepatoselüler karsinom, Transkriptomik