FFPE Tümörlerde Hedefli Yeni Nesil Dizileme Verilerinde Kopya Sayısı Değişikliği Çağrılarının Yorumlanabilirliğinin Değerlendirilmesi Tümör Oranı ve Kapsama Koherensi Metriklerine Dayalı Analitik Bir Yaklaşım
HÜZ M. (Yürütücü), ERKAN B., KOŞUKCU C., ALTAYTAŞ F.
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje, BAP Araştırma Projesi, 2026 - Devam Ediyor
- Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje
- Destek Programı: BAP Araştırma Projesi
- Başlama Tarihi: Mayıs 2026
- Bitiş Tarihi: Devam ediyor
Proje Özeti
Hedefli yeni nesil dizileme (NGS) temelli kopya sayısı değişikliği (CNV) analizi, moleküler patoloji pratiğinde giderek daha yaygın kullanılmaktadır. Ancak formalinle fikse parafine gömülü (FFPE) tümör dokularında düşük amplitüdlü CNV çağrılarının yorumlanması; tümör oranı, kapsama dengesizliği ve teknik varyasyonlar nedeniyle halen önemli bir problem olmaya devam etmektedir. Klinik uygulamada düşük fold/log2 oranlı CNV çağrıları çoğu zaman sabit eşik değerleri üzerinden yorumlanmakta, ancak bu yaklaşımın güvenilirlik sınırları net olarak tanımlanmamıştır.
Bu çalışmayla, FFPE temelli hedefli NGS verilerinde düşük amplitüdlü CNV çağrıları için tümör oranı, kapsama koherensi metrikleri, dizileme kalite parametreleri ve ortogonal dijital PCR (dPCR) sonuçlarını birlikte değerlendiren çok parametreli bir güvenilirlik ve yorumlama modeli geliştirilmesi amaçlanmaktadır.
Retrospektif FFPE tümör serisinde, klinik açıdan anlamlı genleri içeren hedefli NGS paneli ile saptanan CNV olayları değerlendirilecektir. Her olgu için tümör oranı, CNV fold/log2 değeri, kapsama derinliği ve uniformite parametreleri (U20/U40) ile kapsama koherensi metrikleri olan Top-N Coverage Enrichment (TCE), Gene Dominance Index (GDI) ve Dispersion Penalty (DP) analiz edilecektir. Bu yaklaşım, gerçek biyolojik CNV olaylarının gen içindeki hedef bölgelerde organize ve tutarlı kapsama davranışı sergilediği; buna karşın teknik artefakt ve preanalitik süreç kaynaklı olumsuzlukların (yetersiz fiksasyon, doku takip koşulları, nekroz, örnek heterojenitesi) düzensiz ve dağınık kapsama paternlerine yol açtığı varsayımına dayanmaktadır.
NGS bulguları, ortogonal dPCR temelli kopya sayısı analizi ile karşılaştırılacaktır. dPCR sonuçları mutlak biyolojik gerçeklik olarak değil; tümör oranı, FFPE etkisi ve intratümöral heterojenite bağlamında yorumlanacaktır. Bu yaklaşımın, özellikle gri zon olarak değerlendirilen düşük amplitüdlü CNV çağrılarında; gerçek CNV'nin göz ardı edilerek tedavi seçeneğinin ortadan kalkması ve her çağrının pozitif kabul edilerek hatalı klinik yönlendirmeye neden olunması gibi iki temel klinik riski azaltması hedeflenmektedir.
Bu araştırma; tümör oranı, kapsama koherensi, dizileme kalite parametreleri ve ortogonal kantitatif doğrulamanın birlikte değerlendirildiği çok parametreli bir yaklaşımın, gerçek biyolojik CNV olayları ile teknik artefaktların ayrımını güçlendirebileceği hipotezine dayanmaktadır. Çalışmanın, rutin moleküler patoloji pratiğinde düşük amplitüdlü CNV çağrılarının daha güvenli raporlanmasına ve klinik yorumlanmasına katkı sağlaması beklenmektedir